Wiss. Mitarbeiter*in (d/m/w) - 65 % Arbeitszeit

• Kultivierung humaner Zellen und In-cell-Crosslinking unter basalen und veränderten Bedingungen (z. B. Wirkstoffbehandlung, Stress)
• Optimierung und Benchmarking chemischer und photoaktivierbarer Crosslinking-Reagenzien hinsichtlich Effizienz, Membrangängigkeit und biologischer Aussagekraft
• Kopplung des Crosslinkings mit subzellulärer Fraktionierung (Zytosol, Zellkern, Membranen) zur Anreicherung kompartimentspezifischer Proteinkomplexe
• Probenvorbereitung für proteomweite Crosslinking-MS (Verdau, Anreicherung, mehrdimensionale Fraktionierung) sowie LC-MS/MS-Messungen (Orbitrap, Astral)
• Datenauswertung mit xiSEARCH/xiFDR und Mitarbeit an der Verbesserung von Spektrenzuordnung und Fehlerabschätzung (FDR), u. a. durch systematische Untersuchung von - Artefakten wie nicht-kovalent assoziierten Peptidpaaren
• Validierung der Crosslink-Daten an bekannten Komplexen und Abgleich mit CF-MS- und AP-MS-Daten der Projektpartner; Aufbereitung als Distanz-Restraints für die Strukturmodellierung
• Enge Zusammenarbeit im internationalen Konsortium, offene Bereitstellung von Daten und Protokollen (EMBL-EBI/PRIDE), Präsentation und Publikation der Ergebnisse
• Die Möglichkeit zur Promotion ist gegeben

• Erfolgreich abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master, Diplom oder Äquivalent) in Biotechnologie, Biochemie, Chemie oder einer eng verwandten Fachrichtung
• Praktische Erfahrung in der massenspektrometriebasierten Proteomik (Probenvorbereitung, LC-MS/MS, Datenauswertung)
• Fundierte Laborerfahrung mit biochemischen und zellbiologischen Methoden (z. B. Zellkultur, Proteinexpression und -reinigung)
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift

Wünschenswert:

• Bereitschaft zur Einarbeitung in Crosslinking-MS, Strukturproteomik und integrative Strukturmodellierung
• Selbstständige, sorgfältige und strukturierte Arbeitsweise sowie ausgeprägte Team- und Kommunikationsfähigkeit
• Erfahrung mit Crosslinking-MS oder mit der Analyse von Artefakten in LC-MS-Daten (z. B. nicht-kovalent assoziierte Peptide)
• Erfahrung mit Software zur Auswertung von Proteomikdaten (z. B. DIA-NN, Xcalibur), Programmierkenntnisse (z. B. Python) sowie Strukturvisualisierung (z. B. ChimeraX)
• Kenntnisse zu humanen Zellmodellen, z. B. aus den Bereichen Stammzellen oder Tissue Engineering
• Deutschkenntnisse

Ihre Bewerbung richten Sie bitte unter Angabe der Kennziffer mit den üblichen Unterlagen ausschließlich per E-Mail (zusammengefasst in einem PDF-Dokument, max. 5 MB) an Prof. Dr. Juri Rappsilber über sekretariat@bioanalytik.tu-berlin.de.

Mit der Abgabe einer Onlinebewerbung geben Sie als Bewerber*in Ihr Einverständnis, dass Ihre Daten elektronisch verarbeitet und gespeichert werden. Wir weisen darauf hin, dass bei ungeschützter Übersendung Ihrer Bewerbung auf elektronischem Wege keine Gewähr für die Sicherheit übermittelter persönlicher Daten übernommen werden kann. Datenschutzrechtliche Hinweise zur Verarbeitung Ihrer Daten gem. DSGVO finden Sie auf der Webseite der Personalabteilung: https://www.abt2-t.tu-berlin.de/menue/themen_a_z/datenschutzerklaerung/.

Zur Wahrung der Chancengleichheit zwischen Frauen und Männern sind Bewerbungen von Frauen mit der jeweiligen Qualifikation ausdrücklich erwünscht. Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt. Die TU Berlin schätzt die Vielfalt ihrer Mitglieder und verfolgt die Ziele der Chancengleichheit. Bewerbungen von Menschen aller Nationalitäten und mit Migrationshintergrund sind herzlich willkommen.